Synoderådet ble opprettet i 1999. Bakgrunnen for opprettelsen var at synodemøtet ble åpnet for ikke-ordinerte fra og med 2002. Synoderådet skulle være et slags eldsteråd for synoden.
Pr. i dag består synoderådet av 23 personer. 7 av dem kommer fra synodestyret. 12 representanter kommer fra de fire presbyteriene. Disse er valgt direkte av synoden. I tillegg sitter de fire tilsynsmennene i rådet. Tilsynsmennene er ansatt og ikke valgt. Ordningen med synoderåd slik den er nå, innebærer at det er 23 personer, hvorav det er 19 som er valgt, som fatter vedtak i læresaker.
Synodemøtet behandler deretter synoderådets vedtak på førstkommende synodemøte. De kan avvise rådets beslutninger, og deretter sende det tilbake til et nyvalgt synoderåd for ny behandling.
Dersom synodemøtet godkjenner synoderådets vedtak, er dette gjeldende lære for Frikirken. Dersom de avviser vedtaket, vil vedtak i et nytt synoderåd være gjeldende lære for Frikirken, slik ordningen er i dag.