Den Evangelisk Lutherske Frikirke har en presbyteriansk kirkeordning. Det vil si at kirkesamfunnet ledes av valgte eldste på alle nivåer. Menigheter innenfor et bestemt tilsynsområde representeres i et presbyterium. I hvert presbyterium er det en tilsynsmann. Tilvarende er presbyteriene samlet i en synode med et synodestyre som ledes av en synodeformann og en nestformann.